上海刚解放半年，当时的第三野战军9兵团司令员宋时轮召开上海医务界领导人士会议，宣布成立“沪郊血吸虫病防治委员会”，并委任苏德隆为副秘书长。

　　从此苏德隆告别了他所熟悉擅长和钟爱的微生物学，特别是抗生素的研究，投入国家和人民急需的血吸虫病防治研究。他组织动员上海沪宁、沪杭沿线医务人员为部队战士突击治疗，患病的战士全部恢复健康，开赴抗美援朝前线。为此，部队授予苏德隆“名誉教育主任”称号并发给证书。接到证书，苏德隆深有感触地说：“这证书比我在牛津大学得到的博士文凭还要珍贵和光彩！”

　　回到他任职的上海医学院后，苏德隆转任刚成立的公共卫生科主任，全身心地投入到血吸虫病的研究中。当他看到我国有千千万万的农民兄弟仍然受到血吸虫病的蹂躏，便决心继续把自己的主要精力用在防治血吸虫病的研究工作上。他把农村看成是一个“天然实验室”，进行各种有意义的观察和实验。他经常深入到血吸虫病流行地区调查察看病害情况，徘徊在有钉螺的河沟两旁观察钉螺生态习性；到农家访问，调查疾病流行情况，并对收集到的资料进行整理、分析，完成了血吸虫病感染方式与钉螺分布的调查、钉螺生态学与灭螺方法的研究、人粪尿血吸虫卵杀灭方法、血吸虫病感染的个体防护等多项研究，我国南方13个省（市）血吸虫病流行地区处处留下他的足迹。多少个不眠之夜，他在苦苦思索着如何消灭血吸虫病，偶有心得便马上从床头柜中取出常备的纸张记录下来，每一项成果都是他呕心沥血的结晶。

　　1957 年，苏德隆被聘为全国血吸虫病防治委员会副主任，在他领导下成立的血吸虫病研究室，科研工作一直延续至今。

　　1965年，苏德隆受中共中央血防领导小组办公室派遣，带队研究城镇地区消灭血吸虫病问题。他选择上海市青浦县朱家角镇作为开展城镇灭钉螺的试点，率领一支 30 余人的血防小组开展工作。这里血吸虫病灾害严重，钉螺不计其数，年年用药灭而数量不见减少；年年开展治疗而病例未见降低。通过挨家挨户的调查和对钉螺分布的详细分析研究，发现干燥的石面不适宜钉螺爬行、觅食和产卵，于是苏德隆根据血吸虫病流行特点和钉螺孳生规律，采取了以改造环境、消灭钉螺为主的综合性措施，提出了“毁其居，灭其族，防止其流入”的城镇灭螺方针。他亦亲力亲为，发动群众义务劳动，抽干河水，铲除浅滩，喷药灭螺，重砌石岸和河埠，在短短的几个月里便基本消灭了钉螺，修整了河道，加固了房屋；与此同时，治疗病人也取得进展，治疗一个康复一个。经过多年监测，朱家角镇终于彻底消灭了血吸虫病，千年古镇焕发了青春。

　　苏德隆在《中国血吸虫病生态学》一文中，从生态学角度探讨了血吸虫病的传播规律和防治对策。他研究了各种环境对人及钉螺的影响，从村庄结构、居民接触疫水的行为及水、土、温度、光照等自然因素对钉螺分布的影响与作用，并以生态学观点，分析了中国兴修水利与血吸虫病疫情扩大的问题，最后阐述了血吸虫病防治的远景，为我国血吸虫病防治工作指明了方向。他的有限灭螺或区域性灭螺的理论，对我国控制血吸虫病起了重要作用。

　　“文革”期间，苏德隆在遭到残酷迫害的时刻，仍惦记着南方13个省（市）人民的健康，担心疫情回升、急性感染血吸虫病和大肚子患者会再次出现。他白天“劳动改造”时偷偷搞实验，晚上回家读书、研究，还发动夫人和女儿一起做实验。在这期间，他完成了氯硝柳胺防御血吸虫尾蚴的研究，并依此完成了造价低廉的“防蚴衣”“防蚴笔”两项发明。“防蚴衣”布料经泥磨、水冲数万次，露天悬挂数月，室内保存 20 余年，仍能防御血吸虫尾蚴侵入。；防蚴笔”仅仅几分钱一支，但效果显著，涂擦皮肤后虽经泥浆摩擦，8小时后仍有特效。吉林省广大农民曾用于预防稻田皮炎，湘、皖、浙三省农民用于预防日本血吸虫病，援非人员用于预防埃及血吸虫病，都取得了很好效果。上世纪70 年代后期，世界卫生组织、美国海军及英国剑桥大学纷纷来函，索取样品、了解配方及洽谈转让技术事宜。

　　为了消灭广大湖区、山区钉螺和血吸虫病，苏德隆于 1982 年又和同事一起着手研究灭螺缓释剂、家畜血吸虫病治疗剂，为全国防治血吸虫病继续作出贡献。1985 年 11 月，上海市宣布消灭了血吸虫病。为表彰苏德隆在防治血吸虫病方面所作的卓越贡献，中共上海市委血防领导小组追授他为先进工作者并追记大功一次。