1937 年上海中山医院建院时恰逢美国波士顿儿童医院专家访华，经富文寿先生介绍与波士顿儿童医院联系后，苏祖斐获邀赴美进修。不久“八一三”事件爆发，苏祖斐决定放弃赴美进修机会，留在上海为难童服务。

　　1937 年 12 月，富文寿先生组织了难童医院，邀请苏祖斐主持医务，我国首家儿童医院从此诞生。

　　当年尽管是在战时，但苏祖斐还是将医院运营正规化。她亲自制定查房制度和病史、医嘱、化验、膳食等制度，以保证难童膳食营养，她每天两次查房，周末和节假日也不例外。

　　难童医院创建时有 100 张床位，每天经收容所送来的难童病患有五六人，且病情严重，日均死亡人数达一至两人，一个月下来死亡难童达60人。一开始大家茫然无解，经过分析，确认儿童营养问题是主要因素。找到原因后，苏祖斐创导用豆浆补充营养，她为此捐赠 200 银元购买电动磨浆机，在难童医院车库建立豆浆站，每天自制豆浆送到难民收容所，使难民得到营养补充。

　　由于营养不足，坏疽病、角膜破裂和脚气病时有发生，在一年时间内医院收治脚气病患者达 200 余例，苏祖斐又捐赠 300 支维生素 B1，救治了不少难童。当时有一成衣铺的学徒，年仅8 岁，入院时手脚麻痹，开始以为是小儿麻痹症，后经苏祖斐诊断为脚气病，经维生素 B1注射后，次日便大见好转。此病例后来苏祖斐写成论文发表在《中华医学杂志》上。

　　1940 年，随着难童逐渐返回家园，富文寿先生邀请上海各界知名人士组织董事会，将上海难童医院与另一难童医院合并，更名为上海儿童医院，由苏祖斐任医务主任。。由于正值战争年代，医院改组时困难重重。改组不久，原医院业主把房屋出售给浸礼会，浸礼会即通知医院限期一年内迁出。经四处奔走终于在香山路找到一所房屋。

　　接着就是筹措资金。由于苏祖斐为亲友等看病不收礼，故获得捐款两万元。新中国成立后，该医院改名为香山路儿童医院，以区别于上海市儿童医院。

　　当时医院很难聘请到医师，好在当时苏祖斐在上海同德医院任教，有多位医师经常来参观学习，苏祖斐就每周六下午给他们讲课，他们帮着写病史，毕业后做实习医师，最终留用了数位医师，班底逐步建立起来。珍珠港事件爆发后，北京协和医学院、上海医学院及圣约翰大学毕业的医师也陆续来院工作，一时阵容整齐，声誉鹊起，医疗质量可与当时任何一家教学医院媲美。

　　1945 年抗战胜利，富文寿先生赴美前指定苏祖斐代理院务。经董事会批准，医院开始向礼会募捐，以补经费不足。由于当时货币天天贬值，捐款也无济于事，职工工资每两周要调整一次，但还是不能解决问题。大家齐心协力，做好医疗工作，无一起医疗纠纷发生。当时善后救济总署上海分署分发救济物资，分署负责人委托苏祖斐负责分发奶粉。本来苏祖斐想通过此事可以收集到大量婴儿体格测量数据，谁知罐头奶粉大量送达，院子太小无法应付，只能来人就发，也不用带孩子，苏祖斐自己家人孩子很多，却没有去领过一罐奶粉。虽然数据没有收集到，却带来了大量的就诊病患，业务好起来了，经费积累也快速增长。考虑到员工生活的艰苦，医院决定在 8 月、1 月和春节各加发一个月的工资。故老员工说，苏院长当家可以领 15 个月工资。在苏祖斐的主持下，医院还对院舍重新油漆一新，买了许多煤、油，五百匹白棉布，结余 140 两黄金、7000 美元和等量的法币。同时员工的伙食也得到了改善，食堂越办越好。由此可见，苏祖斐不仅是一位医学专家，也是一位优秀的企业家。